Tại Frankfurt có nhiều trường đại học và đại học thực hành (Fachhochschule). Trường đại học nổi tiếng nhất và lâu đời nhất của thành phố là Trường Đại học Tổng hợp Johann Wolfgang Goethe được thành lập năm 1914 với 4 cơ sở tại Frankfurt-Bockheim, Frankfurt-Westend, Frankfurt-Riedberg và Bệnh viện trường Đại học Frankfurt. Bên cạnh đó có trường Hfb – Business School of Finance & Management, nguyên là Trường Đại học Kinh tế Ngân hàng.

Trong lãnh vực nghệ thuật Frankfurt một mặt có Trường Đại học Quốc gia về Nghệ thuật tạo hình (Staatliche Hochschule für bildende Künste), do Johann Friedrich Städel thành lập năm 1817, về mặt khác là Trường Đại học Âm nhạc và Nghệ thuật biểu diễn Frankfurt am Main (Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Frankfurt am Main).

Trường Đại học thực hành Frankfurt am Main, được thành lập năm 1971 từ nhiều cơ sở khác nhau, có nhiều ngành học với trọng điểm trong các bộ môn về kinh tế và kỹ thuật ứng dụng.

Ngoài ra trong thành phố còn có các Viện Max Planck về Lịch sử luật pháp châu Âu, lý sinh học và nghiên cứu não (brain research). Có quan hệ mật thiết với Trường Đại học Tổng hợp là Frankfurt Institute for Advanced Studies, một cơ sở liên ngành nghiên cứu lý thuyết cơ sở trong vật lý, hóa học, sinh học, thần kinh học và tin học, được tài trợ từ nhiều nguồn khác nhau.